Comuna Prejmer, cu satele aparţinătoare Prejmer, Stupinii Prejmerului şi Lunca Câlnicului, este situată la o altitudine ce variază între 561- 593 m, în şesul Ţării Bârsei din Depresiunea Braşovului.
Coordonatele geospaţiale (45°43’ latitudine nordică și 25°46’ longitudine estică), plasează aşezarea la 15 km nord-est faţă de municipiul Braşov, pe drumul naţional DN 10 Braşov – Buzău. Teritoriul comunei Prejmer este străbătut de DN 11 Braşov – Târgu Secuiesc (care se intersectează cu DN 10 la dreapta comunei Hărman) şi de DJ 112D Tărlungeni – Prejmer – Lunca Câlnicului.
De asemenea, comuna Prejmer este străbătuta în partea nord-vestică de linia de cale ferată Braşov – Ciceu şi în partea sudică de linia de cale ferată Braşov – Întorsura Buzăului. Pe teritoriul comunei există două staţii CFR şi staţii de autobuz pentru transportul rutier în comun, care fac legătura cu centrele importante din jur.
În partea de nord, prin satul aparţinător Lunca Calnicului, comuna Prejmer se învecinează la nord pe Râul Negru cu comuna Chichiş din judeţul Covasna, la est pe râul Tărlung cu comunele Dobârlău şi Teliu, la vest cu Hărman, iar la sud cu comunele Budila şi Tărlungeni.
Clima predominantă este cea temperat-continentală, caracterizată de ierni geroase și veri calde, cu o temperatura medie anuală a temperaturii de 8-9°C și a precipitațiilor de 700 mm. Caracteristica principală a climei din teritoriu este frecvenţa inversiunilor de temperatură, mai ales iarna şi la începutul primăverii, atunci când mase de aer rece şi dens se îngrămădesc la şes, fiind greu de dislocat din cauza ramei montane înconjurătoare. Îngheţurile timpurii (octombrie) şi cele târzii (sfârşitul lunii aprilie sau chiar mai) defavorizează, în comparaţie cu alte zone ale Ţării Bârsei, dezvoltarea segmentului agricol reprezentat de culturi.
Rețeaua hidrografică a teritoriului este foarte dezvoltată şi bogată în ape curgătoare și freatice. Datorită localizării în zona montană, debitul apelor curgătoare ce străbat comuna (râul Tărlung, râul Olt, râul Negru şi canalul Morii) este relativ mic, iar albiile sunt amenajate, nefiind risc de producere de inundații în această zonă, lucru care în alte zone reprezintă un mare pericol. Prejmerul este supranumit ,,satul cu o mie de izvoare’’ datorită sutelor de izvoare aflate la cel mult 0,50 m adâncime sau chiar la suprafaţă în Lunca Câlnicului şi în partea de jos a comunei. În partea de sus a comunei pânza de apă se află la 5 m adâncime, iar în zona căii ferate Braşov – Întorsura Buzăului la 35 m. Densitatea izvoarelor se explică printr-un interesant fenomen hidrografic şi anume: apele Tărlungului şi cele rezultate din topirea zăpezilor de pe munţii şi dealurile înconjurătoare coboară prin straturile de pietriş şi nisip până la stratul de argilă, izbucnind în izvoare puternice de suprafaţă, în nord-vest apa rece, curată şi cu temperatură constantă (vara nu urcă peste 15° C, iar iarna nu scade sub 9° C) favorizează creşterea păstrăvilor în teritoriu.
Pe teritoriul Prejmerului, datorită bogatei reţele hidrografice există o zonă specifică mlăştinoasă, care împreună cu pădurile de stejar, carpen, frasin constituie o rezervaţie naturală cu numeroase specii floristice şi faunistice rare, unele fiind protejate de lege (jimba Ţării Bârsei, coacăzul negru, roua cerului, laleaua pestriţă, bulbocii de munte etc). Toate acestea au condus la declararea zonei ,,Pădurile şi mlaştinile eutrofe de la Prejmer’’ ca arie naturală protejată de interes floristic şi forestier naţional, fiind declarată recent şi sit Natura 2000. Apele din zonă sunt populate de numeroase specii de peşti, îndeosebi păstrăvi, mreană, lipan, iar în ecosistemele cu exces de umezeală abundă specii de amfibieni, reptile şi păsări. Dintre păsările ocrotite amintim: vânturelul, şorecarul, corbul, striga şi huhurezul. Fauna este reprezentată de şopârle şi şerpi. Nu în ultimul rând, peisajul primitor al Prejmerului este dat de mulţimea cuiburilor de berze care creează un farmec aparte localităţii.
